در شروع این فصل از لیگ برتر، «قهرمانی آسیا» تنها دغدغه‌ای بود که در ذهن هواداران پرسپولیس وجود داشت. پس از دو قهرمانی متوالی، آنها تصور می‌کردند که رسیدن به سهمیه آسیا در لیگ برتر نیز برای تیم‌شان کافی باشد اما قرمزها با وجود برنامه‌ای فشرده، یک نیم‌فصل بازی با پنجره بسته و رسیدن به فینال آسیا؛ باز هم موفقیت داخلی‌شان را تکرار کردند. برای سومین فصل پیاپی، پرسپولیس در بالاترین نقطه جدول ایستاد و برای چهارمین فصل متوالی، هیچ تیمی در لیگ برتر فصل را با امتیازی بیشتر از قرمزها به پایان نبرد.

لیگ هجدهم برای پرسپولیس، در مشهد آغاز شد. پسران پروفسور در اولین جدال فصل، تا حدودی تحت تاثیر نمایش شاگردان یحیی قرار گرفتند اما به کمک تجربه و اعتماد به نفس بیشتر، با ضربه پنالتی علی علیپور به همه امتیازهای این مسابقه دست پیدا کردند. یکی از بهترین نمایش‌های فصل این تیم، در جدال هفته دوم با فولاد خوزستان رقم خورد. جایی که پرسپولیس سه بار دروازه حریف را باز کرد تا فصل را با چهار گل زده، 6 امتیاز و دو کلین‌شیت، به بهترین شکل ممکن آغاز کرده باشد. اوضاع کاملا خوب بود تا اینکه در هفته سوم بارش شدید سنگ در اهواز، موجب شد پرسپولیس تنها یک امتیاز از استقلال خوزستان بگیرد. این تیم یک هفته بعد، نتوانست مقابل دفاع فشرده نفت مسجدسلیمان کاری از پیش ببرد و در جدال بعدی نیز به صنعت نفت آبادان امتیاز داد. سه ناکامی متوالی برای سرخ‌ها، درست قبل از جدال حساس با الدحیل در یک‌چهارم نهایی آسیا رقم خورد. جدالی که با بی‌دقتی مهاجمان، در نهایت به شکست پرسپولیس ختم شد. برانکو و تیمش با چهار نتیجه نامطلوب، به لیگ برتر برگشتند. به نظر می‌رسید باشگاه زیر فشار شدید بازی‌ها و با کمبود بازیکن، دیگر نمی‌تواند به راهش ادامه بدهد اما پیش‌بینی‌ها چندان درست از کار درنیامدند. پرسپولیس در فاصله دو دیدار با الدحیل، نساجی را به زحمت شکست داد و روحیه از دست رفته را احیا کرد. آنها پس از کنار زدن نساجی، کار بزرگی انجام دادند و الدحیل را از جدول لیگ قهرمانان خارج کردند. قرمزها با روحیه‌ای مضاعف به لیگ برگشتند و بعد از شکست دادن سپیدرود با گل لحظات آخری آدام همتی، دربی را با تساوی به پایان رساندند. در این هفته‌ها، هیچ‌کس به بردن لیگ فکر نمی‌کرد و همه در انتظار رسیدن به فینال لیگ قهرمانان آسیا بودند. پس از برگزاری دربی، پرسپولیس برای مدتی تنها سرگرم آسیا بود و بین دو دیدار با السد، تنها با نود ارومیه در جام حذفی مسابقه داد. آنها پیش از دو دیدار نهایی مقابل کاشیما نیز، پیروزی‌شان برابر سایپا را از دست دادند تا در 9 بازی اول لیگ برتر، تنها چهار پیروزی در کارنامه داشته باشند. شاید مهم‌ترین نبرد پرسپولیس در نیم‌فصل اول، روبه‌روی پیکان برگزار شد. تیمی که چند مصدوم داده بود و باید با حکم سازمان لیگ بدون مهره‌های ملی‌پوش روبه‌روی تیم مجید جلالی قرار می‌گرفت، به شکل غیرمنتظره‌ای به بازی برگشت و با شکست دادن پیکان، جان دوباره‌ای گرفت. درست بعد از این مسابقه، هوادارها دوباره از قهرمانی لیگ برای تیم‌شان حرف می‌زدند. سه پیروزی و دو تساوی در پنج بازی آخر نیم‌فصل اول، برای صدرنشینی کافی بود اما پرسپولیس را به عنوان یک مدعی جدی برای قهرمانی تثبیت کرد. 

درست قبل از دربی، تصور می‌شد تیم وینفرد شفر در اوج آمادگی به سر می‌برد و پرسپولیس با گام‌هایی لرزان به استقبال این مسابقه آمده اما ضربه سر احمد نوراللهی، مهم‌ترین گل فصل قرمزها بود. استقلال می‌توانست به بازی برگردد و کار را به تساوی بکشاند اما پنالتی «چیپ» فرشید، اردوگاه حریف را کاملا به هم ریخت

شروع پرسپولیس در نیم‌فصل دوم «فوق‌العاده» نبود. آنها پس از کنار زدن پدیده، به فولاد باختند، به نفت مسجدسلیمان و نساجی امتیاز دادند و درگیر فصل تازه‌ای از لیگ قهرمانان شدند. یک لحظه «ویژه» اما همه چیز را برای این باشگاه عوض کرد. درست قبل از دربی، تصور می‌شد تیم وینفرد شفر در اوج آمادگی به سر می‌برد و پرسپولیس با گام‌هایی لرزان به استقبال این مسابقه آمده اما ضربه سر احمد نوراللهی، مهم‌ترین گل فصل قرمزها بود. استقلال می‌توانست به بازی برگردد و کار را به تساوی بکشاند اما پنالتی «چیپ» فرشید، اردوگاه حریف را کاملا به هم ریخت. چیزی شبیه یک گل به خودی بزرگ که سد راه موفقیت‌های استقلال شد. درست در هفته‌هایی که تراکتور با محسن فروزان به ته دره رفت و سپاهان از فرم مطلوب فاصله گرفت، پرسپولیس مشغول جمع کردن امتیازها بود. آنها پس از استقلال، پیکان و سایپا را نیز شکست دادند و با استراتژی متفاوتی به سراغ هفته‌های پایانی نرفتند. برانکو تصمیم داشت تیمش را از شکست دور نگه دارد و در نهایت همین تساوی‌های پشت سر هم، پرسپولیس را به تکرار موفقیت‌های گذشته رساند. آنها پس از تساوی در چهار هفته متوالی، پارس جنوبی را در جم شکست دادند تا پرافتخارترین تیم تاریخ لیگ برتر لقب بگیرند. 

در هفته‌های دشوار پس از شکست در فینال آسیا، ستاره‌های پرسپولیس به لحاظ روحی تخلیه شده بودند و به «انگیزه» جدیدی نیاز داشتند. این انگیزه، با نمایش پرچم ژاپن در استادیوم‌ها به آنها داده شد. شاید همین اتفاق بود که پرسپولیس را زنده کرد و رمق بازگشت به صدر جدول را به ساق‌های بازیکنان این تیم بخشید. پرسپولیس در طول فصل با دشمنان زیادی روبه‌رو شد و دشمنی، درست همان چیزی بود که آنها برای بازگشت به میدان جنگ، لازم داشتند.