آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر انقلاب اسلامی در پی ترور دانشمند هسته‌ای شهید، دکتر محسن فخری‌زاده با صدور پیامی تاکید کردند: «دو موضوع مهم را همه‌ دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن، و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه‌ بخش‌هایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه‌ علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می‌گویم و علو درجات او را از خداوند مسئلت می‌کنم.»