تنها چند روز بعد از بسته شدن پرونده پروپئیچ در فیفا، علی خطیر از سمتش در باشگاه استقلال استعفا کرد. به نظر می‌رسید چندمین استعفای معاون ورزشی باشگاه نیز با مخالفت مدیرعامل استقلال مواجه شود اما فتحی این بار مشکلی با استعفا نداشت و پایان دوران حضور خطیر در باشگاه را رسما اعلام کرد. از نگاه امیرحسین فتحی، خطیر به دلیل «مسائل خانوادگی» استفلال را ترک کرده اما به نظر می‌رسد نقل و انتقالات باشگاه در روزهای حضور این مدیر در سوییس، عامل اصلی بوده است. مسئولیت نقل و انتقالات باشگاه در تابستان با علی خطیر بود اما در روزهایی که این چهره در ایران حضور نداشت، باشگاه با علی کریمی تمدید کرد و عارف غلامی را نیز به خدمت گرفت. خطیر مخالف سرسخت تمدید قرارداد «یک ساله» با علی کریمی بود اما باشگاه علاوه بر پذیرفتن درخواست هافبک میانی، به درخواست مدیربرنامه‌های مشهور او برای جذب یک بازیکن دیگر نیز پاسخ مثبت داد. دلال شناخته‌ شده فوتبال ایران پس از حضور پررنگ در نقل و انتقالات باشگاه پرسپولیس، حالا به باشگاه استقلال نزدیک شده و توانسته بازیکن مدنظرش را به این تیم تحمیل کند. پس از این اتفاق، دیگر همه چیز میان استقلال و علی خطیر تمام شده بود و این مدیر دیگر علاقه‌ای به ماندن در باشگاه نداشت. دوران حضور علی خطیر در استقلال، حواشی خاص خودش را داشت. او گاهی قدم‌های مثبتی برای تیم برداشت و گاهی نیز با چند تصمیم اشتباه، تیم را به دردسر انداخت. تسلط خطیر به زبان انگلیسی، رابطه‌اش با مهره‌ها و مربیان خارجی تیم را ساده‌تر کرد. با این وجود عادت او به انجام مصاحبه‌های جنجالی و افشای اسکرین‌شات از مکالماتش با وینفرد شفر و دیگران، دور از اصول حرفه‌ای مدیریت بود. همه می‌دانستند که خطیر با شفر کنار نمی‌آید و تا روز برکناری مربی آلمانی، دست از تحرک علیه او برنمی‌دارد. بخشی از هواداران استقلال، ماجرای بازی نکردن اللهیار صیادمنش پس از توافق به فنرباغچه ترکیه را نیز از چشم خطیر می‌بینند و باور دارند که او این تصمیم را برای استقلال گرفته است. بعضی‌های دیگر نیز معتقدند که او به دنبال مدیرعاملی استقلال بود و پس از نرسیدن به این خواسته، تیم را ترک کرد. تردیدی وجود ندارد که خطیر به رسانه‌ها و محبوب شدن در بین هوادارها اهمیت زیادی می‌داد. شاید اگر او تصمیم می‌گرفت تنها یک مدیر خوب باشد و در نگاه هوادارها به «سوپرمن» تبدیل نشود، دوران کاری‌اش در استقلال موفقیت‌آمیزتر می‌شد. خطیر در این دوران پرونده چند شکایت را بست، به بحران پئیچ پایان داد و توانست ماموریتش برای جذب استراماچونی را با موفقیت پشت سر بگذارد. در کنار این اقدامات مثبت، او با چند ستاره تیم رابطه خوبی نداشت. چراکه رقم مدنظرشان برای تمدید قرارداد را رسانه‌ای کرده بود. به نظر می‌رسد علی خطیر، چیزی بین تصویر پرافتخار ترسیم شده به دست موافقانش و تصویر شیطانی شکل گرفته به دست مخالفانش باشد. با وجود چند حرکت مثبت و امیدوارکننده، حاشیه‌های خاص این مدیر، تندی‌های او و البته نتایچ نه‌چندان خوب استقلال در این دوره، علیه این چهره بودند.