چندی پیش بود که خبر رسید احتمال دارد باشگاه استقلال وارد لیگ برتر والیبال شود و در مسابقات باشگاه‌های این کشور تیمداری کند. این خبر بعد از روی کار آمدن احمد سعادتمند در باشگاه استقلال منتشر شد که مصطفی کارخانه به واسطه همکاری قبلی با او در باشگاه بانک سرمایه جلسه‌ای را با مدیرعامل آبی‌ها برگزار کرد. بعد از این نشست کارخانه از احتمال تیمداری استقلال در لیگ برتر والیبال خبر داد و از علاقه سعادتمند به حضور آبی‌ها در این رشته ورزشی گفت. با این حال مصطفی کارخانه رسما به عنوان سرمربی سایپا معرفی شد؛ اتفاقی که بعد از ناامید شدن او از تیمداری استقلال رقم خورد. کارخانه در این باره اعلام کرد در یک ماه اخیر بحث تیمداری استقلال در لیگ برتر والیبال به خاطر مشکلات عمده‌ای که این باشگاه در بحث فوتبال با آن دست و پنجه نرم می‌کند، جدی نشده و قطعا سرخابی‌ها در لیگ برتر سال 99 والیبال جایی ندارند. این در حالی است که بسیاری امیدوار به حضور استقلال و برخی کری‌خوانی‌ها بودند. حتی چالش حضور بازیکن طرفدار دو آتیشه پرسپولیس در این تیم مطرح شده بود اما ماجرا به جایی نرسید و کارخانه راهی سایپا شد. ناگفته نماند انتخاب کارخانه به عنوان سرمربی سایپا بدون چالش و حاشیه هم نبود. پس از انتصاب او، فرهاد نفرزاده واکنش نشان داد و در اینستاگرام انتخاب کارخانه را به مافیا تبریک گفت. او همچنین در مصاحبه‌ای اعلام کرد او و بهروز عطایی گزینه‌های هدایت این تیم بودند و با ورود شخص سوم به ماجرا (کارخانه)، توانست هدایت سایپا را برعهده بگیرد. اظهارات نفرزاده واکنش کارخانه را هم به دنبال داشت و باعث درگیری لفظی دو سرمربی در رسانه‌ها شد.