علی مطهری در نامه‌ای به محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس با اشاره به اظهارات اخیر احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان مبنی بر اینکه باید این اشکال قانونی که شورای نگهبان نمی‌تواند نماینده را از ادامه کار منع کند، برطرف شود، نوشت: از آنجا که این شورا اظهارنظرهای نمایندگان را نیز رصد می‌کند و با بینش خاص خود می‌سنجد و هرکس را که مخالف عقیده او سخنی را ابراز کند دچار انحراف و فساد می‌داند، لذا دادن این اختیار به شورای نگهبان به استقلال مجلس و حریت و آزادگی نمایندگان آسیب جدی می‌رساند. وی از قالیباف خواست که در مقام رئیس مجلس یازدهم از استقلال و حریت مجلس دفاع کند.