مسیح مهاجری در یادداشتی نسبت به افزایش بودجه حوزه‌های علمیه توسط دولت و غیر شفاف بودن بودجه دیگر نهاد‌ها انتقاد کردبه گزارش دیده بان ایران مهاجری در سرمقاله روزنامه جمهوری اسلامی نوشت: متأسفانه حوزه‌های علمیه به توصیه اکید امام خمینی مبنی بر پرهیز از دریافت بودجه دولتی عمل نکردند و همین وابستگی به بودجه دولتی علاوه بر ضربه وارد کردن به استقلال حوزه‌ها و روحانیت، میان آنها و مردم نیز فاصله انداخته است. وی هم چنین نوشته است: اکنون وقت آنست که دولت بودجه دستگاه‌هائی که دارای ردیف‌های تحمیلی هستند را قطع کند و آن را به وزارت آموزش و پرورش اختصاص بدهد. این اقدام شجاعانه را دولت سیزدهم باید از همین اولین بودجه‌ای که تدوین می‌کند انجام دهد. بودجه کل کشور نیازمند جراحی عمیق است. این جراحی را اگر امروز انجام ندهید، فردا قطعاً دیر است.