علی مطهری در توئیتی درباره درگیری ارمنستان و آذربایجان، خطاب به وزارت خارجه نوشت: «وزارت خارجه باید مراقب باشد مثل درگیری قبلی آذربایجان و ارمنستان بر سر قره‌باغ، به خاطر ملاحظات قومی جانب ارمنستان را نگیرد. صرف درخواست آتش‌بس و دعوت طرفین به مذاکره هم کافی نیست، باید دید حق با کدام طرف است، همان طور که ما در جنگ تحمیلی انتظار داشتیم.»