شفر در اولین فصل نشستن روی نیمکت کارلسروهه، نتایجی شگفت‌انگیز به دست آورد و این باشگاه را در رده دوم جدول بوندس‌لیگا دو قرار داد تا یک صعود بزرگ به سطح اول فوتبال آلمان را تجربه کند. او و تیمش در اولین فصل حضور در بوندس‌لیگا، به سختی از سقوط فرار کردند اما رفته رفته به تیم بهتری تبدیل شدند و دو بار روی سکوی ششم لیگ فوتبال آلمان قرار گرفتند. کارلسروهه در آخرین فصل حضور شفر اما دوباره راهی بوندس‌لیگا دو شد تا دوران حضور وینفرد در این باشگاه با صعود آغاز شده و با سقوط به پایان رسیده باشد. دوران حضور وینفرد شفر در اشتوتگارت، به فصل دوم نرسید و «بروسیا برلین» تیم بعدی این مربی به شمار می‌رفت. او در اولین فصل، باشگاه جدیدش را بین ۶ تیم بالای جدول بوندس‌لیگا دو قرار داد اما در فصل دوم، در انتهای جدول قرار گرفت و با این تیم به یک سطح پایین‌تر سقوط کرد. یک شروع کاملا عالی و یک پایان کاملا تلخ. به جز تجربه کار در تیم‌های ملی و حضور بسیار کوتاه‌مدت در لیگ‌های آذربایجان و تایلند، شفر مدتی نیز در امارات مشغول به کار بود. او در فصل دوم حضور روی نیمکت الاهلی، نتیجه فوق‌العاده‌ای به دست آورد و این تیم را قهرمان فوتبال امارات کرد. در العین امارات نیز فصل دوم، موفق‌ترین فصل این مربی به شمار می‌رفت. موضوعی که ثابت می‌کند شفر در مقام مربی، یک چهره غیرقابل‌ پیش‌بینی با سرنوشتی غیرقابل حدس است. تنها راه برای برداشتن یک قدم رو به جلو در استقلال نسبت به فصل گذشته، قهرمانی لیگ برتر است. رویایی که هنوز هم طرفداران استقلال به محقق شدنش امیدوار هستند.