به دنبال بالا رفتن ارز و مشکلاتی که فدراسیون‌ها در خصوص اعزام ورزشکاران به اردوها و رقابت‌های بین‌المللی داشتند، حالا مشکل جدیدی مطرح شده که روسای فدراسیون‌ها را در بهت فرو برده و آن بدهی مالیاتی است! فدراسیون‌ها که تا به حال با چنین مشکلی روبه‌رو نبودند، در جلسه‌ای که با وزیر داشتند متوجه شدند اعداد و ارقام مربوط به بدهی مالیاتی برخی از فدراسیون‌ها اعلام شده و آنها باید با کمک وزارت ورزش این بدهی را پرداخت کنند. در جلسه‌ای که وزیر با رییس سازمان مالیات کشور داشته، سلطانی‌فر از این موضوع دفاع کرده که درآمد فدراسیون‌ها خرج سفر ورزشکاران به رقابت‌های مختلف می‌شود و فدراسیون‌ها نباید مالیات بدهند. البته با توجه به اینکه حکم برخی از فدراسیون‌ها برای پرداخت بدهی صادر شده، آنها باید این بدهی را پرداخت کنند اما وزارت ورزش در تلاش است مشکل سایر فدراسیون‌ها را حل کند. تاکنون مبلغ 70 تا 80 میلیارد بدهی مالیاتی از فدراسیون‌ها جمع شده است.